原料となる油脂は動粘度が高い（＞30mm2／s（40℃））ため、 そのままディーゼル燃料として使用した場合、燃料ポンプが作動しにくくなる、 フィルターに目詰まりが生じるなどの不具合が生じます。 一方、バイオディーゼル燃料の動粘度の3〜5 mm2／s（40℃）。 軽油の数値に近くなっています。
	ディーゼルエンジンでは、 燃料を高圧縮空気中に噴射して自然着火させるので、 着火性の大小が問題となります。 セタン価は、軽油の着火しやすさを表す数値で、 値の大きいほうが着火性の高いよい燃料となります。 原料となる油脂のセタン価は40前後でやや低い値ですが、 バイオディーゼル燃料では45〜60程度となり、軽油と近くなります。
	バイオディーゼル燃料の発熱量は軽油と比較するとやや低くなりますが、 分子の構造上酸素を含む「含酸素燃料」なので燃焼性が向上します。 よって、走行性や燃費は軽油と同等となります。
	バイオディーゼル燃料は、 原料となる油脂にもともと硫黄分が含まれていないため、 顕著に低い値となります。
	バイオディーゼル燃料は、 軽油と比較して低温特性（曇り点、目詰まり点、流動点）が高いため、 寒冷地や冬季では流動性の悪化が問題となります。 このため、寒冷地や冬季に燃料を使用する際には、 燃料に添加剤を加えて使用する必要があります。